Berdasarkan Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 362/DIKTI/Kep/1998 telah dibuka Program Studi Diploma Tiga (PSD3) Teknik Sipil dan dan disusul setahun kemudian dengan dikeluarkannya Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi nomor: 343/DIKTI/Kep/1999 dibuka 3 (tiga) program studi diploma lain: PSD3 Teknik Mesin, PSD3 Teknik Elektro, dan PSD3 Teknik Mineral. Selanjutnya melalui Keputusan Rektor Universitas Cenderawasih nomor: 0711.1/J20/1999 dibentuk suatu wadah “Program Diploma Teknologi” yang bertugas membina dan mengelola keempat program diploma tersebut dan dipimpin oleh seorang Koordinator yang bertanggungjawab langsung kepada Rektor.

Pembukaan keempat program pendidikan diploma (professional) memperoleh dukungan Pemerintah Daerah Irian Jaya (Rekomendasi Gubernur Irian Jaya) dan masyarakat Papua (Rekomendasi Ketua DPRD Tk I Irian Jaya). Demikian pula dukungan dan kerjasama nyata dari instansi teknis terkait, seperti MoU UNCEN dengan: Kanwil Depnaker/BLKI, Kanwil Dep. PU, Kanwil Depertamben, Kanwil Depdikbud/SMK, Balai Diklat Penerbangan, Gapensi. Dalam upaya pembinaan, dalam waktu dekat akan dilaksanakan penandatangan MoU Kerjasama UNCEN dengan PT. PLN (Perseo) Wilayah X, AKLI, dan INKINDO. Kegiatan perkuliahan diselenggarakan di 3 (tiga) gedung (Gedung 2000, Gedung Program Diploma Teknologi, Gedung Eks Green House), dengan ruang kelas yang disediakan sebanyak 13 buah. Kegiatan praktek kerja/praktikum diselenggarakan dengan menggunakan fasilitas dan peralatan laboratorium/bengkel milik instansi mitra kerjasama (BLKI, Kanwil PU, Kanwil Depertamben, SMK) yang pelaksanaannya diatur secara sistem blok waktu. Beberapa kegiatan praktikum tertentu sudah mulai dapat dilakukan di Kampus UNCEN (Ilmu Ukur Tanah, Mekanika Tanah, Mekanika Batuan, PHB, Alat Ukur, Rangkaian Listrik, Rangkaian Analog, Kristal Mineral, Pemetaan, Petrologi, Geologi Struktur dan Fisika Terapan). Sedangkan kegiatan PKL dan Tugas/Proyek Akhir Teknik Sipil akan diatur dan dilaksanakan melalui kerjasama dengan pihak terkait.

Pada tahun 2001 melalui SK Menteri Diknas RI No.146/O/2011 tanggal 11 September 2001, Fakultas Teknik Universitas Cenderawasih resmi dibentuk.Pada dasarnya Fakultas Teknik Universitas Cenderawasih merupakan pengembangan wadah “Program Diploma Teknologi” yang membina dan mengelola keempat program studi diploma. Fakultas Teknik sebagai wadah keempat program studi secara hirarkis dan prosedural dapat memudahkan, melancarkan, serta meningkatkan efisiensi dan efektivitas akses ke berbagai sumberdaya yang dapat mendukung upaya pemantapan, pembinaan, dan pengembangan. Pada saat itu jumlah mahasiswa Program Diploma Teknologi adalah 409 orang terdiri dari 256 mahasiswa reguler dan 153 mahasiswa tugas belajar (karyasiswa) dengan tenaga pengajar yang tersedia sejumlah 41 orang terdiri dari tenaga pengajar tetap (18 orang), perbantuan (3 orang), titipan (7 orang), kontrak kerja (11 orang) dan selebihnya tenaga pengajar luar biasa.